Uporaba statistike v zdravstvu
Vaje z rešitvami s programom JAMOVI
Predgovor
Knjiga Uporaba statistike v zdravstvu: vaje z rešitvami v Jamovi je zbirka rešenih vaj iz statistike, ki jih izvajamo na Zdravstveni fakulteti Univerze v Ljubljani pri predmetih uporabne statistike na študijski smeri Radiološka tehnologija prve in druge stopnje.
Zbirka vaj je sestavljena iz 31-ih vaj, ki smo jih reševali s programom Jamovi. Jamovi je odprtokodni program, je prosto dostopen, deluje v vseh operacijskih sistemih ali kot oblačna aplikacija. Zasnovan je podobno kot programski paket SPSS, saj so podatki v programu predstavljeni v obliki tabel, na katerih lahko potem izvajamo različne statistične analize. Jamovi uporablja za statistično analizo programski jezik R, vendar za izvajanje statističnih analiz ni potrebno poznavanje tega jezika, saj lahko analize izbiramo iz grafičnega vmesnika. Jamovi ponuja osnovni nabor statističnih analiz, ki pa jih lahko nadgradimo z analizami, ki so zbrane v knjižnici dodatnih modulov. Jamovi razvija spletna skupnost in se uporablja pri poučevanju statistike že v več kot 300 univerzah po svetu. Na spletni strani https://www.jamovi.org lahko najdete več informacij o programu.
Zbirka je organizirana v sedem poglavij. V prvem poglavju se ukvarjamo z osnovno opisno statistiko in tipičnimi grafi, ki jih uporabljamo v statistiki, ter s porazdelitvami podatkov. Drugo poglavje je namenjeno osnovnim statističnim analizam v epidemiološki statistiki z uporabo kontingenčnih tabel, tretje poglavje se ukvarja s senzitivnostjo, specifičnostjo in analizo ROC v primerih iz medicinske diagnostike ter z ujemanjem med ocenjevalci, ki ga merimo s kappa koeficientom, kar smo poimenovali kot poglavje Statistika v diagnostiki. V četrtem poglavju se spoznamo z intervali zaupanja v ocene statističnih parametrov in pogledamo njihovo uporabo pri treh nalogah. Peto in šesto poglavje sta osrednja poglavja zbirke. V petem poglavju se ukvarjamo s preverjanjem hipotez. Z vajami pregledamo najbolj pogosto uporabljene statistične teste: t-test, parni t-test in neparametrične izvedbe teh testov: Mann-Whitney U test in Wilcoxonov test predznaka, nadaljujemo s testi za preverjanje deležev kot sta hi-kvadrat test in McNemarjev test, v zadnjih treh vajah pa obdelamo še verzije enosmerne in dvosmerne ANOVA. Šesto poglavje se ukvarja z regresijsko analizo, kjer začnemo s preprostimi linearnim regresijskim modelom, nadaljujemo pa z multiplo linearno regresijo, kjer v zadnjih dveh nalogah podamo primera izgradnje linearnega regresijskega modela z uporabo koračne metode. Ker v Jamovi ne moremo izvajati koračne metode neposredno z ukazi, pri teh nalogah izvedemo statistično analizo z uporabo programskega jezika R, ki predstavlja pomembno razširitev programa Jamovi, saj na ta način lahko izvajamo statistične analize s programskim jezikom R neposredno v programskem okolju Jamovi. Poglavje končamo s primerom logistične regresije. Sedmo poglavje vključuje dve nalogi s primeri analize preživetja. Na istih podatkih izdelamo tako tabelo preživetja, Kaplan-Meierjeve krivulje in izvedemo Coxov regresijski model. Primeri, na katerih delamo, so večinoma iz prakse, podatki so pridobljeni iz dejanskih raziskav, ki smo jih izvajali sami, ali pa so pridobljeni na podlagi raziskav iz znanstvene literature. Primeri so v glavnem s področja zdravstva. Podatki za vaje so na povezavi.
Vse vaje so enako zasnovane in so sestavljene iz treh delov: predstavitve naloge, postopkom reševanja in končnimi ugotovitvami. V predstavitvi naloge so podana navodila (rdeči del), kaj naloga zahteva in z bolj ali manj natančnimi navodili, na kakšen način lahko pridemo do rešitev. Osrednji del vaj je postopek reševanja (modri del), kjer po posameznih korakih podamo postopek reševanja s posnetki zaslona ali z natančnimi navodili, kako to storiti v Jamovi. V tem delu so podani tudi rezultati po izvedbah posameznih korakov in komentarji rezultatov. V zadnjem delu so podane končne ugotovitve (zeleni del), kjer podamo končne ugotovitve in odgovore na zastavljena vprašanja iz naloge. Ta del je zasnovan tudi tako, da predstavlja povzete rezultate statistične analize, ki jih običajno podajamo v strokovni ali v znanstveni literaturi. Vaje so zastavljene tako, da jih lahko brez večjih prilagoditev uporabljamo tudi za statistične analize na drugih podatkih.
Ta zbirka vaj dopolnjuje zbirko vaj Uporaba statistike v zdravstvu: vaje z rešitvami v SPSS, pri čemer so v tej zbirki vaje rešene s programom Jamovi, pri zbirki vaj z rešitvami v SPSS pa so vaje rešene s programskim paketom SPSS. Na ta način smo poskušali predstaviti prosto dostopno in brezplačno alternativo uporabe statističnih programov za reševanje najbolj pogostih problemov iz statistike.