Opis podatkovne zbirke
Podatkovna zbirka vsebuje meritve impedančne spektroskopije na različnih tkivih dojke po biopsiji. Raziskovalno vprašanje, ki ga rešujemo, je, ali se tkiva različno odzivajo pri meritvi impendance I0.
Z drugimi besedami, ali se kategorijska spremenljivka tkivo statistično značilno drugače odziva na meritve impedance I0 ob različnih vrstah tkiv.
Metodologija
Izvajamo primerjava impedančnega odziva I0 na treh različnih tkivih, ki smo jih pridobili po biopsiji dojk in smo jih klasificirali kot karcinom (CAR), mastopatija (MAS) in žlezno tkivo (GLA). Zanima nas, kako se odzivajo tkiva pri impedančni spektroskopiji, konkretno pri meritvah impednance I0.
Ker gre za analizo kategorijske spremenljivke tkivo proti skalarni odzivni spremenljivki IO, bomo izvajali analizo variance z enim faktorjem ANOVA. ANOVA je izvedena v primeru normalno in ne-normalno porazdeljenih podatkov. Izvedena je tudi POST-HOC analiza, kjer ugotavljamo statistično značilne razlike med posameznimi pari tkiv. V primeru normalno porazdeljenih meritev uporabljamo ANOVA, pri post-hoc analizi pa TukeyHSD test. V primeru ne-normalno porazdeljenih meritev se uporablja Kruskal-Wallisov test, ki je neparametrična verzija ANOVA in pri post-hoc analizi Wilcoxonov test neodvisnih meritev s korekcijo po metodi Holma in Sidaka.
Grafi primerjav so izrisani kot okvirji z ročaji z oznakami za statistično značilnost razlik med pari, ki jih primerjamo med sabo. Meja za statistično značilnost je pri p < 0.05.
ANOVA
Izvedena je bila enosmerna analiza variance ANOVA, kjer je faktor tkivo in odzivna spremenljivka impedanca I0.
Tabela ANOVA - standardni zapis
| Df | Sum Sq | Mean Sq | F value | Pr(>F) | |
|---|---|---|---|---|---|
| tkivo | 2 | 236889.6 | 118444.8 | 10.66138 | 0.0001318 |
| Residuals | 52 | 577704.5 | 11109.7 | NA | NA |
Tabela ANOVA - krajši zapis
| .y. | p | p.adj | p.format | p.signif | method |
|---|---|---|---|---|---|
| I0 | 0.00013 | 0.00013 | 0.00013 | *** | Anova |
Kruskal-Wallisov test
| chi2 | df | pval | |
|---|---|---|---|
| Kruskal-Wallis chi-squared | 16.74957 | 2 | 0.00023 |
Osnovni graf primerjav
Graf okvir z ročaji.
Post-Hoc analiza
V primeru normalno porazdeljenih meritev
Tabela primerjav - Tukey HSD test
| term | contrast | estimate | conf.low | conf.high | adj.p.value |
|---|---|---|---|---|---|
| tkivo | GLA-CAR | -155.916 | -240.301 | -71.531 | 0.000 |
| tkivo | MAS-CAR | -103.921 | -185.602 | -22.240 | 0.009 |
| tkivo | MAS-GLA | 51.995 | -35.379 | 139.368 | 0.330 |
Graf primerjav
Graf primerjav z oznakami za statistično značilno razliko.
V primeru ne-normalno porazdeljenih meritev
Tabela primerjav
| .y. | group1 | group2 | p | p.adj | p.format | p.signif | method |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| I0 | CAR | GLA | 0.000 | 0.001 | 0.0004 | *** | Wilcoxon |
| I0 | CAR | MAS | 0.002 | 0.004 | 0.0022 | ** | Wilcoxon |
| I0 | GLA | MAS | 0.101 | 0.100 | 0.1012 | ns | Wilcoxon |
Graf primerjav
Graf primerjav z oznakami za statistično značilno razliko.
Rezultati analiz
V tem primeru smo želeli pokazati, kako se izvede analizo variance ANOVA za en faktor, ne ukvarjamo pa se z zaključki raziskave na podlagi pridobljenih rezultatov.